Verwaltungskontrolle
Das Bundesministerium des Innern und für Heimat übt die Dienst- und Fachaufsicht über die Zentrale Stelle für Informationstechnik im Sicherheitsbereich aus.
Der Bundesbeauftragte für den Datenschutz und die Informationsfreiheit (BfDI) wacht über die Einhaltung und Umsetzung von geltenden Datenschutzvorschriften. Er verfügt bei seiner Tätigkeit über das Recht zur Akteneinsicht.
Berichterstattungen über die Tätigkeit von ZITiS finden sowohl vor dem Haushaltsausschuss als auch vor dem Ausschuss für Inneres und Heimat statt. Darüber hinaus prüft der Bundesrechnungshof (BRH) die Haushalts- und Wirtschaftsführung des Bundes, also auch die ZITiS,. und unterrichtet das Parlament sowie das BMI über das Ergebnis seiner Prüfung. Der Haushalt von ZITiS wird jährlich im Gesetz über die Feststellung des Bundeshaushaltsplans für das jeweilige Haushaltsjahr veröffentlicht.
Parlamentarische Kontrolle
Die parlamentarische Kontrolle von ZITiS findet durch Debatten, Aktuelle Stunden, Dringliche Anfragen sowie durch Kleine und Große Anfragen im Deutschen Bundestag statt. Auch durch Berichterstattungen vor dem Innenausschuss, dem Haushaltsausschuss und gegebenenfalls vor einem Untersuchungsausschuss wird Kontrolle ausgeübt.
Gerichtliche Kontrolle
Die Gesetzmäßigkeit der Verwaltung und die Unabhängigkeit der Gerichte gehören zu den Säulen der freiheitlich-demokratischen Grundordnung (fdGO). ZITiS wird ausschließlich auf der Basis der geltenden Gesetze, Verwaltungs- und Dienstvorschriften tätig und kann durch unabhängige Gerichte überprüft werden.
Öffentliche Kontrolle
Medien und ihre Berichterstattung entfalten eine große Kontrollwirkung, ebenso wie die Kontrolle durch die Öffentlichkeit. Bürgerinnen und Bürger können durch direkte oder indirekte Eingaben und Anfragen Auskünfte erlangen und Petitionen einreichen, die vom Petitionsausschuss des Bundestags behandelt werden.
Der Anspruch von ZITiS ist, so transparent wie möglich zu sein. Diese Transparenz hat jedoch dort ihre Grenzen, wo die Auftragserfüllung der Sicherheitsbehörden gefährdet wird. In diesen Fällen muss das Bekanntwerden von Methoden, Systemen oder Produkten sowie spezifischer Informationen zur Tätigkeit, Methodik und konkreten technischen Fähigkeiten der Sicherheitsbehörden des Bundes zuverlässig unterbunden werden.